宗祖滅後の初期の創立。開基は六老僧の伊予阿闍梨日頂。日頂の坊跡で、もとは南の谷の先にあった。中道院過去帳は第2世日杉（輪弟）、第3世日侶、第4世日義（享徳3＝1454年8月25日遷化）、第5世日尭（永正2＝1505年遷化）と次第している。池上本門寺10世中道院日陽の隠棲遷化の寺なので、中道院と号するようになったが、江戸期には不二庵と呼ばれる庵があり、宝暦3年（1753）、本門寺２５世守玄院日顗（1681～1753）　はそこで遷化した。この庵は池上の蓬丘にあったが現在のどの地か詳細は不明である。
　しかし当院に残る蓬丘十二景の柱聯から眺望のすぐれた場所であったことが推測される。蓬丘十二景は富士晴雪、足柄層雲、大島月色、秩父電光、武野春霞、房岫暁白、玉川朝霧、茅檐夕煙、袖浦征帆、千本帰憔、石尊絶頂、金沢雙峯で、不二庵の篇額は富士独秀に始まる。日顗は茶道、歌道、絵画に深く通じた文化人でもあった。日顗遷化後、不二庵は取り壊され、日顗の位牌は中道院に安置された。爾来、当院は日顗の法脈に連なる池上本門寺貫首の退蔵所・位牌安置所として今日に及んだ。
　37世妙地院日亀は池上68世へ。41世日粲は海長寺61世へ。43世大成院日肝は比企谷本行院67世へ。44世観是院日教は村松海長寺64世・池上77世へ。39世真静院日要は永寿院23世から。40世本良院日因は池上67世から。
　昭和20年常仙院の山門が空襲で焼失、広重の絵で有名な当寺の老松翁松はその際の火勢にあおられ、枯れてしまった。